Số liệu về bảo hiểm vật nuôi ở Thụy Điển xếp tuổi thọ trung bình của mèo Maine Coon vào khoảng trên 12,5 năm.[37] Mèo Maine Coon nhìn chung là một nòi khỏe mạnh và chống chịu tốt vốn đã thích nghi với môi trường và khí hậu ở những vùng như New England. Mối nguy lớn nhất về sức khỏe đối với Maine Coon là bệnh trương phình cơ tim, loại bệnh tim mạch phổ biến nhất ở mèo, bất kể là mèo nòi thuần chủng hay mèo tạp. Ở Maine Coon, chứng bệnh này được xem là một tính trạng trội quy định bởi gien trên nhiễm sắc thể thường. Mèo lớn tuổi thường dễ mắc bệnh hơn là mèo trẻ.[38] Trương phình cơ tim là một dạng bệnh nặng dần lên và có thể dẫn đến suy tim, liệt chân sau (do tắc mạch bởi máu đông bắt nguồn từ tim), hoặc đột tử.[39] Một đột biến đặc trưng gây ra trương phình cơ tim được nhận diện ở những con mèo Maine Coon khiến người ta phải tiến hành thử nghiệm cho đột biến này.[40] Trong tất cả những con mèo Maine Coon được thử nghiệm với đột biến MyBPC tại Phòng thí nghiệm Di truyền Tim mạch Thú y ở Trường Dược Thú y tại Đại học bang Washington, khoảng một phần ba cá thể cho kết quả dương tính.[41] Không phải tất cả những con mèo dương tính đều sẽ có các triệu chứng lâm sàng của bệnh và một số cá thể mèo âm tính thì có, và điều này có nghĩa là rất có khả năng trương phình cơ tim còn do một gien đột biến khác góp sức gây ra nữa.

Một bệnh phổ biến khác là teo cơ cột sống, cũng là bệnh di truyền với hậu quả gây ra là sự suy giảm về số lượng của các tế bào thần kinh ở tủy sống có chứng năng điều khiển các cơ ở thân và chi. Triệu chứng thường được thấy khi mèo được 3-4 tháng tuổi và hậu quả gây ra là teo cơ, muscle weakness và giảm tuổi thọ. Gien gây ra teo cơ cột sống có thể được phát hiện qua một thử nghiệm.[42]

Loạn phát triển hông là một bệnh về rối loạn khớp hông có thể gây ra tàn tật ở chi cũng như viêm khớp. Thường những con mèo đực của các giống mèo to và to xương tỉ như mèo Ba Tư và Maine Coon là bệnh nhân của chứng này. Chứng này ở mèo cũng tương tự như ở chó nhưng do kích thước và cân nặng nhỏ hơn nên mèo cũng ít bị bệnh hơn là chó.[43] Kết quả chụng X-quang của Quỹ chỉnh hình động vật (Orthopedic Foundation for Animals - OFA) từ năm 1974 đến 2011 cho thấy 24,3% số mèo Maine Coon trong dữ liệu của họ mắc chứng loạn phát triển hông. Maine Coon cũng là nòi mèo duy nhất nằm trong danh sách này của OFA.[44]

Bệnh thận đa u nang cũng là một bệnh nặng dần lên với tiến triển chậm tồn tại ở mèo Maine Coon; trước đây bệnh này được cho rằng chỉ xuất hiện ở mèo Ba Tư hay các nòi liên quan. Triệu chứng thường xuất hiện ở mèo 7 tuổi và hậu quả của bệnh thì không thể khắc phục được. Thận đa u nang thường dẫn tới suy thận và là bệnh di truyền, vì vậy sàng lọc và kiểm tra, thử nghiệm cẩn thận là phương pháp duy nhất để ngăn ngừa loại bệnh này.[42]